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让大肠杆菌吃掉自己的二氧化碳:从设想到 FBA 验证
一个把发酵副产物 CO₂ 原位转化为底物的代谢工程蓝图。从最初的 L-精氨酸 + CBB 设想出发,经 240 组 FBA 参数扫描验证,演化为厌氧琥珀酸/丙酸联产(碳回收 83.68%)与合成群落固碳生物刺激剂两条实证路线。
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FermChip:从"测浓度"到"测代谢流"的芯片
一个工业发酵在线监测微流控芯片项目。核心创新 MFP(代谢流感知器)用扩展卡尔曼滤波从 4 个观测量实时估计 6 维状态向量,填补发酵监测 1-60 分钟的数据真空。EKF 仿真验证通过,K4 风险未触发。
BioCandidateRanker:一个酶动力学预测的诚实败局
一个多模态酶候选排序系统的完整负面结果报告。536K 参数的蛋白-分子图联合模型,在同源冷切分上被 Morgan 指纹 MLP 追平;外部基准 EnzEngDB 排序 Spearman≈0;IMDH 突变景观两个方法均不如随机。
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DisorderFlow:为"无形的敌人"设计抗体
一个用贝叶斯流网络(BFN)为天然无序蛋白(IDP)设计抗体的全栈平台。V6 模型在 2032 个蛋白上实现 ipTM r=0.950;从 Aβ42 到 AQP4 膜蛋白,挑战结构生物学无法触及的靶点;25 条 scFv 候选进入湿实验验证路线图。
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CASP17 参赛记:用置信度预测重新审视蛋白设计
参加 CASP17 竞赛评估的记录。以贝叶斯流网络(BFN)的内置置信度头对标 AlphaFold2,在固定骨架序列设计与内禀无序蛋白预测两条线上,探索"模型自评"的边界。
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Science Agent:让 AI 跑完一轮完整的科研流程
一个基于 Qwen 多智能体集群的科研闭环系统,以"范围合同"(scope contract)架构将科学问题形式化为可计算约束。覆盖 Science 125 问全部问题,Qwen3-4B LoRA 证据裁决专家,已部署公开 Demo。
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细菌博弈赛:主动制造短板,然后赢下整场
参加合成生物学创新赛细菌博弈赛道的记录。以大肠杆菌 MG1655 为底盘,敲除 acrA 制造"可控弱点",用 gadE 组成型表达补强酸抗,再以 UV 适应性进化优化三维博弈。